第2階層については作成される事をお勧めいたします。
下記は、スマホ版を作成させていただいた店舗様のトップページになります。
https://www.rakuten.co.jp/brimtokyo/
こちらの店舗様の第2階層（商品ページとカテゴリーページ）は、下記のようになります。
https://item.rakuten.co.jp/brimtokyo/c/0000000004/
https://item.rakuten.co.jp/brimtokyo/flora3-bk/?l-id=shoptop_widget_item_list
こちらの店舗様の会社概要ページです。
https://www.rakuten.co.jp/brimtokyo/info.html
第2階層のヘッダー、フッター、サイドコンテンツなどが無いと、商品ページやカテゴリーページにメニューが無い状態になるのでお客様が離脱してしまう可能性があります。
また同じように会社概要のメニューも設置されないとそこでお客様が離脱してしまう可能性があります。
そういった理由で第2階層無しはあまりお勧めできません。